Nach Jahren der Updaterei und neues Mac OS X Betriebssystem hinüber bügeln, tut es einfach mal gut, alle Programme via MacPorts mal zu deinstallieren und wieder neu zu installieren. Dabei werden automatisch alle Versions-Leichen, welche nicht mehr benötigt werden und Bibliotheken die einst mal mit installiert wurden weil ich Programm XY mal kurz ausprobiert habe, mit gelöscht.
Anbei eine Liste von Programme, die ich standartmässig auf einem Mac installiere:

sudo port -v -fp uninstall installed && sudo port -v install erlang gnupg2 irssi mc minicom mtr py27-ipython py-pip py-serial py-py2app nmap rtmpdump simh tcpdump tcpflow tmux w3m watch wget

Danach klappt’s auch wieder mit den Verlinkungen sauber.

Update:

Anmerkung vom Clemens:

In diesem Kontext auch hilfreich: wiederholt sudo port uninstall leaves ausführen. Das gleiche mit ein bisschen mehr Toolchain drumrum: sudo port install port_cutleaves; port_cutleaves.